Постановката е еклипс + натив маке (базиран върху мировия от TMOS). Обаче при големи проекти понякога ми се ще да компилирам само файла върху, който работя в момента, без да линквам, просто за да го проверя "синтактично".

Какъв е най-лесния начин? Вероятно мога да си направя разклонение в Мейк-файла, ама няма ли по-мързелив? Някаква вградена ентелигентност на еклипса?

"make target", където target е желаното ти правило от файла, примерно "main.o".

Принципно при последните версии на еклипс по подразбиране е пуснат код анализа и той е достатъчно агресивен. Показва повече проблеми отколкото гцц и определено няма нужда от никаква компилация.
Все пак ако държиш да викаш компилатора, най-добре да си направиш конфигурации. В опциите на проекта ц-build manage configurations и си създаваш колкото конфигурации искаш. На всяка конфигурация може да задаваш различни настройки на всичко. Но аз се старая опциите да са еднакви, а където има различия ползвам променливи.
Примерно в build се задава как да се вика мейка. По подразбиране е make all и съответно make clean. Но нали при мен сорсовете са общи и трябва да се укаже за кой борд/таргет да се компилира. Та променям make all да стане на "make all CFG_BOARD=$(ConfigName)". Нещо такова беше (сега не съм на компютър).
Това го слагам на всички конфигурации. Всъщност слагам го на една и като създавам нови то се наследява. С две думи просто си правя толкова конфигурации колкото таргети имам. След това от падащото меню на чукчето избирам коя конфигурация, съответно променливата ConfigName се сменя и като компилирам си компилира... Единствено трябва да се кръщасат конфигурациите, така както са таргетите в сорсовете.
Еклипс има много променливи, предполагам трябва да има и такава с името на текущия сорс файк. Така че нищо не ти пречи на правиш една конфигурация (освен дебъг/релийз) в която да мейква вмест аll само текущия файл (който и да е той).
Но пак да кажа код анализа върши по-добра работа