След ресет трябва
1. да провери дали във програмната памет - областта за приложна програма има валидна програма (чексума)
1.1. Ако има, да й вземе версията, ако няма, версията е 0.0.0 :)
1.2. Да проверява един флаш дали има валидна (и по-нова от 1.1.) програма
1.2.1. Ако има:
          - да изтрие програмната памет - всичко, освен бутлодера;
          - да я програмира;
          - да се ресетне.
1.2.2. Ако няма :
1.2.2.1. Ако версията в 1.1. не е 0.0.0.- да предаде управлението на приложната програма
1.2.2.2. Ако версията в 1.1. е 0.0.0. да прави каквото реши :)

using System;
using System.Collections.Generic;
using System.ComponentModel;
using System.Data;
using System.Drawing;
using System.Linq;
using System.Text;
using System.Windows.Forms;
using System.IO;

namespace WindowsFormsApplication1
{   
    public partial class Form1 : Form
    {
        long x = 0, y, btn2 = 0;
        byte[] buffer = new byte[1000000];
        UInt32 fsize;

        static FileStream fsr = new FileStream("D:\\project_name.bin", FileMode.Open, FileAccess.Read);
        static FileStream fsw = new FileStream("D:\\update.bin", FileMode.Create, FileAccess.Write);
        BinaryWriter bw = new BinaryWriter(fsw);
        BinaryReader br = new BinaryReader(fsr);

       
   
        public Form1()
        {         
            InitializeComponent();
        }

        private UInt16 crc16(byte[] data_p, UInt32 length)
        {
            byte i;
            UInt16 data_;
            UInt16 crc = 0xffff;
            UInt32 idx = 0;

            if (length == 0)
                return ((UInt16)~crc);

            do
            {
                for (i = 0, data_ = (UInt16)((UInt16)0xff & (byte)data_p[idx]);
                    i < 8;
                    i++, data_ >>= 1)
                {
                    if (((crc & 0x0001) ^ (data_ & 0x0001)) != 0)
                        crc = (UInt16)((crc >> 1) ^ 0x8408);
                    else
                        crc = (UInt16)(crc >> 1);
                }
                idx++;
            }
            while (--length != 0);

            crc = (UInt16)~crc;
            data_ = crc;
            crc = (UInt16)((crc << 8) | (data_ >> 8 & 0xff));

            return (crc);
        }

        private void button1_Click(object sender, EventArgs e)
        {
            fsize = (UInt32)fsr.Length;
            UInt16 crc;

            button1.Enabled = false;
            button1.Update();

            buffer[0] = (byte)'S';
            buffer[1] = (byte)'e';
            buffer[2] = (byte)'C';
            buffer[3] = (byte)'r';
            buffer[4] = (byte)'E';
            buffer[5] = (byte)'t';
            br.Read(buffer, 6, (Int32)fsize);
            for (x = 6; x < fsize + 6; x++)
            {
                buffer[x] += (byte)(x-6);
                buffer[x] = (byte)~buffer[x];
                buffer[x] = (byte)((byte)(buffer[x] << 4) | (byte)(buffer[x] >> 4));
                buffer[x] += (byte)(x-6);
                if (x >= 6)
                  bw.Write(buffer[x]);
            }

            crc = crc16(buffer, fsize+6);
            buffer[fsize + 6] = (byte)(crc);
            bw.Write(buffer[fsize + 6]);
            buffer[fsize + 6 + 1] = (byte)(crc >> 8);
            bw.Write(buffer[fsize + 6 + 1]);

            //MessageBox.Show("FILE WRITTEN", "[update.bin]");
            br.Close();
            bw.Close();

            fsr.Close();
            fsw.Close();

            button1.Text = "FILE [update.bin] WRITTEN!";
            button1.Update();

            System.Threading.Thread.Sleep(1000);

            Form1.ActiveForm.Close();
           
        }

       
           
    }
}