Съжалявам ако вече е нищена тая тема.
Има ли някакво решение за тези процесори? Реално искам да може да се тестват пиновете независимо от софтуера вътре в контролера? Някакъв прост интерфейс, който позволява да се сменя състоянието на пиновете поотделно (съответно някой да мери по платката).
За STLink /V2 или V3 или за пиратския JlinkOB. Най-вече SWD.

Нещата с boundary scan са дебели... всъщност не съм проверявал скоро, информацията ми е старичка, но дълбоко се съмнявам нещо да се е променило.

За сметка на това не виждам какъв ти е проблемът да си тестваш каквото и да е през дебъг интерфейса (jtag или swd няма значение). Може да четеш/пишеш по който и да е адрес (регистър или памет). GPIO регистрите са няколко и спокойно може да си клатиш или четеш който искаш пин. Даже и цели периферии може да тестваш. Говоря за по-простите от типа UART/SPI/I2C. Виж неща като USB по-трудно ще подкараш (но не е невъзможно де, примерно със стъб в РАМ-а).
Конкретно за STLINK и JLINK не съм запознат, но виж openOCD си има и конзола ръчно да си играеш, има и скриптове, т.е. може да си напишеш тестче някакво. Другият вариант е на ниво дебъгер. Говоря за gdb където също имаш gdb конзола, имаш и .gdbinit където може да си вкараш твой си скрипт. Сигурно има и други варианти, колегите могат да допълнят. Но моето мнение е, че през дебъг интерфейса ще ти е 100 пъти по-лесно за всякакви тестове.

Само за протокола - баундари скана е през JTAG, а не през SWD, така че забрави да използваш стлинк.