source1.c
....
static J1939 __attribute__((section("userdata"),address(0x800))) j1939_xxx;
....

source2.c
....
static J1939 __attribute__((section("userdata"),address(0x800))) j1939_yyy;
....

source2.c
....
static J1939 __attribute__((section("userdata"),address(0x800))) j1939_zzz;
....

Link Error: section overlay2 [000800   -> 000801  ] overlaps section overlay1 [000800   -> 000801  ]
Link Error: section overlay3 [000800   -> 000801  ] overlaps section overlay1 [000800   -> 000801  ]

struct module1_data
{
      J1939   J1939_xxx;
      // и т.н всички променливи дето ползва модула
}

void module1(module1_data* data);

//нямаш никакви глобални променливи

void module1(module1_data* data)
{
    //ползваш само *data

   data->J1939_xxx = 234;

}

#include header1.h
#include header2.h
...
union data_storage
{
    module1_data  as_module1;
    module2_data  as_module2;
    ....
}

data_storage data;

int main(void)
{
    switch(jumers)
    {
        case 1: 
                 module1(&data.as_module1);
                 break;
        case 2: 
                 module2(&data.as_module2);
                 break;
        ....
    }

}

int main(void)   {

    InitMCU();
 
#if defined ( USE_J1939 )

    // Set ECAN module in loopback mode, for development only
    //SetECANMode( ECAN_LOOPBACK_MODE );

   // Wait for address contention to time out
    while( J1939_Flags.WaitingForAddressClaimContention ) {
      Delay1ms();
      J1939_Poll( 1 );
   }
#endif

    // Main program loop
    while( 1 )   {
      ClearWatchDog();
      switch( DeviceMode )   {
          // Switch at position 2
          case Mode1:   Mode1Main(); break;
          // Switch at position 3
          case Mode2:   Mode2Main(); break;
          // Switch at position 4
          case Mode3:   Mode3Main(); break;
          // Switch at position 1
          case Mode4:   Mode4Main(); break;
          default:      break;
      }
    }
    return 0;
}