Честотата на която работи ядрото можеш да измериш като изведеш на някой крак сигнал от таймер(или ШИМ) знаейки всички делители по веригата. Проверката с UART-a може да работи в по-широки граници и да те заблуди.
Моите процесори също са ревизия "B". Имаше някакъв бъг с PLL в предните ревизии, но те по-скоро се отнасяха за LPC23xx. При LPC24xx мисля че бързо ги израстиха тези проблеми. Проблемът беше от сорта че изхода от PLL-а ти е ограничен до 290 MHz.
С кварцове и кондензаторите около тях при LPC2000 серията проблеми не съм имал. За LPC2468 в момента ползвам 12 MHz и 22 pF кондензатори.
С LPC2214 съм имал проблеми в момента на включване на PLL-a заради недостатъчно големи кондензатори на захранването.
Както по-горе казах и аз имах подобни на твоите проблеми преди няколко месеца, когато започвах с този процесор. Код който бях изпробвал на една експериментална платка с LPC2378 не тръгна на LPC2468. Помня че близо ден ми отне да разбера какво точно става. Пробвах и варианта с четните стойности в CCLKCFG и също заработи в някои от случаите, но после се дънеше. Така че карай така както си е в документацията - с нечетни стойности.
Определено при мен имаше проблем и със по-високия клок на JTAG-a. Това го проверих с няколко теста. След като тръгнаха нещата не съм правил повече експерименти. Но около два месеца работа по прототипа на една система с LPC2468 не съм имал ни един проблем. После има още две нулеви бройки произведени от същото устройство и те работят без проблеми.
По-късно днес като ми остане време ще пробвам с твоята конфигурация за 60 MHz от 12 MHz да видим дали ще мога да повторя проблема.

Ти върху каква платка работиш?

Ами аз правя дипломна работа с това чудо та тъй като сам съм си мислил схемата и сам съм правил платката и като се пребави към това че не съм пускал точно LPC2468 досега та съмненията са ми мн отностно кое как работи. Но сега се радвам че засега тръгнаха нещата. Ще пробвам номера да клатя пина на Таймер и ще проверя честотата така. Правил съм го за 2364 и там ставаше перфектно. 10x

Токущо проверих твоите настройки върху една прототипна платка с LPC2468(12 MHz кварц). Извиках моята функция дето съм я постнал по-горе така:
Системата работи. Кода се изпълнява от FLASH-a на процесора. Има връзка през USB към PC. Пуснах набързо няколко от тестовете които ползвам при работа всичко ОК. Мога да дебъгвам(не работя с CrossWorks). При спиране с дебъгера виждам че в регистрите на PLL-a е записано каквото трябва а именно:
PLLCFG = 0x00000013
PLLCON = 0x00000003
Освен това единия от тестовете на системата ми дава възможност да определя честотата на която работи ядрото по косвени признаци - ядрото работи на 60 MHz.