Разликата когато Atmega8 е на борда и когато не е на него е в наличието на чипа за комуникация с USB на компютъра. В случая той е процесор с негов си софтуер и той комуникира с въпросния Atmega8. Кога и какво точно си говорят двата процесора помежду си - не е ясно ( поне на мене ). Като гледам bootloader-a май не си го качил од ардуинската среда така че това е още една полунеизвестна. Това са по-скоро общи разсъждения и може да не са много верни но дават някакво обяснение за ефектите.
Ще ти опиша какво съм правил и работи. На платката има Atmega8 или 168 с кварц 16MHz, верига за Reset и изведен ICSP. На отделен куплунг са изведени Rx, Tx, Reset + и -. Това нещо се връзва с Arduino средата с преходник USB - UART на базата на FT232BL. Bootloader-a го качвам от Arduino средата през ICSP с STK200. Скечовете си се пишат в Arduino средата и си се качват през нея . Процесора мога да го преместя на друга платка, съобразена с конкретното приложение и той си работи на нея.
Ако в процесора си остане bootloader-a , основната програма тръгва след десетина секунди - преа това време bootloader-a чака команда от Arduino средата и като види че няма команда тршгва да изпълнява скеча. Ако се изтрие bootloader-a тръгва веднага да се изпълнява скеча, но тогава няма връзка със средата - ако искаш да коригираш нещо през средата трябва пак да запишеш bootloder. Bootloader-a може да се запише и не през среедата а с програматор с общо предназначение - трябва да се прочете процвсора след записа на bootloader-a от Arduino средата, прочетеното да се зпомни като файл заедно с фусовете и след това си го качвай и трий както си искаш. За целта ползувам Ponyprog с STK200 през LPT - всеки може да ползува каквото му харесва разбира се.