Не ти е там проблема, не обвинявай Еклипса щото той си е само редактор

Накратко от конзолата ти се вижда следното - GDB (това е дебъгера на GNU) се конектва към софтуера на segger (GDB server), пуска му разни команди, той видимо ги изпълнява, зарежда сорса, слага някъде брейкпоинт и след дава go/run (т.е. continue). Ако така свършва лога, значи най-вероятно таргета ти бачка и цикли някъде, но просто не достига до бейкпоинта както може би се очаква...
Сега тук има няколко момента и въпроси....
1) С Zylin ли си или с вградения плъгин?
Между двата има няколко дребни разлики. Примерно Zylin сканира за .gdbinit файл и ако го намери и от него може да изпълни скрипт, макар че тоя скрипт от лога предполагам си го сложил ти в Debug settings->command.... Все пак го казвам в случай че не знаеш кой ги вика тия команди и къде се намират

Между другото скриптовете наистина най-добре да си ги слагаш в .gdbinit вместо в Еклипс. При GNU се работи с файлове и конзоли, който иска wizard и големи приложения със сложни настройки по-добре да си ползва IAR или други комерсалки...
В .gdbinit като свикнеш да бачкаш ще си напишеш множество скриптове, които след това може да викаш от конзолата. Примерно тоя скрипт ресетва и прави разни неща, но те не ти трябват само като стартираш дебъгването. По някое време ще искаш да рестартираш лесно... затова аз си пиша скрипт който кръщавам "сс", после докато дебъгвам ако искам да рестатирам само пиша "сс" в конзолата...
Но да се върна към Zylin и компания. При Zylin дебъг информацията се зарежда автоматично от текущия проект, демек няма нужда от "load". Всъщност ти може да си я лоад-ваш колкото пъти си искаш, просто няма нужда да ти се бави за глупости

2) спомена SAM7S а пък на JLINK казваш SAM7X....
3) провери си флашването. Предполагам знаеш, но ако не знаеш командата "monitor" e всъщност начин да си говориш с емулатора. Съответно всичко с monitor.... са команди към JLINK сървъра, който аз не познавам и не мога да ти помогна много. Знам че "monitor reset" ресетва таргета но не знам какво прави monitor flash download=1. Може би разрешава някакъв интерфейс щото навремето единствения начин да флашваш беше с JFLASH сега може да са измислили нещо, но така или иначе това НЕ ми прилича на флашване. Нито му казваш какво да флашва нито къде да го флашва...
Тъй де намери си начин да се убедиш че таргета е флашнат правилно, ако искаш го флашвай предварително твой си проблема

4) Пишеш някакви неща на адрес 0хFFF.... Или аз съм позабравил SAM7 или ти пишеш в небитието

5) Слагаш брейкпоинт на AppMain... интересното е че го имаш в мап-а, но дано знаеш каква е тая функция и защо й слагаш брейкпоинт, Иначе аз нямам идея защо го правиш... Виждал съм да слагат брейкпоинт на main() - това в случай че имаш асемблерски файлове за стартъп и искаш да отидеш да дебъгваш от С-кода.
Според мен най-добре изобщо да не го пускаш да тръгва. Е верно като почнеш да дебъгваш ще ти е на ресет вектора (асемблер) ама то така е най-правилно. Почваш да дебъгваш от ресет вектора, ако искаш да прескочиш нещо ти сам ще си сложиш брейкпоинт и ще му дадеш continue (c) ....
Отиваш в Debug перспективата (ако не си вече там) и там има едни бутони за run за pause... Може да не са активни, щото GDB е уж за дебъгване на много процеси едновременно, там в дебъг перспективата има един списък със сесиите. В твоя случай ще е само една сесия, но все пак трябва да е избрана, за да бачкат бутоните за stop, step go и т.н.
Та с две думи просто трябва да спреш таргета и след в конзолата може да си пишеш команди, или ако искаш да ползваш дебъг нещата в Еклипс...