Случва ми се за енти път, преинсталирам компа, всичко работи и в някой момент почва да прескача.
Когато при компилация даде грешка и посочи на кой ред е тази грешка, цъкайки с мишката, ме препраща в сорса с един или повече реда след посочения за грешката.
Прескачането започва с един ред, примерно след месец стават два реда, още време три реда..
При дебъгване също посочва ред различен от актуалния, като броя прескочени редове е еднакъв с текущия при посочване на грешката.
Случва се и с МПЛАБ и с Аврстудио.
До тук не намерих причната за това и начина освен преинсталиране.
Търсих във всички файлове от проектите да намеря нещо, в гугъл явно не задавам правилната комбинация думи, и в регистрито почнах, но времето минава...
Някой има ли подобни проблеми и как ги ги решава?

С грешния ред по време на дебъгването при мен се случва на всички среди с компилатор базиран на GCC. По често се случваше на по старите версии, в новите се случва доста по рядко.
Грешен ред за грешките никога не е имало при мен.
Вероятно ползваш някакви стари версии,упдейтвай си средите и вероятно няма да имаш такъв проблем

При мен се случва понякога. Преди време рових из нета като теб и по спомен го водят като по-засукан бъг. Парсера на сорс кода се разминава с други индексни файлове и това е резултата.
Да не те заблудя дали това е решението, но за MPLAB X има една папка която "трябва" да се изтрива понякога, че там се омазвало незнам си какво.
Пътя до нея се открива лесно по следния начин:
MPLAB X -> Help -> About ---> Cache directory: C:\Users\xxxxxxxxxx\AppData\Local\mplab_ide\Cache\dev\v3.10\var

Понякога самия парсер на едитора се шашка заради стила ти писане - не му понася определена последователност от затварящи/отварящи скоби, мястото на коментарите, как отваряш и затваряш блокове с #.... Изобщо се оказа, че не малко среди страдат от тези неща.