...
Disable_IRQ();
chk = 0;
Enable_IRQ();
...

#include "main.h"
#define d1 PIN_B6
#define d2 PIN_B7

unsigned int32 in=0;
unsigned int32 out=0;
volatile unsigned int chk=0;
char tmpc;

#int_RDA
void  RDA_isr(void)
{
   disable_interrupts(GLOBAL);
   chk=1;
   enable_interrupts(GLOBAL);
}

void main()
{

   setup_timer_0(RTCC_INTERNAL|RTCC_DIV_1);
   setup_timer_1(T1_DISABLED);
   setup_timer_2(T2_DISABLED,0,1);
   setup_ccp1(CCP_OFF);
   setup_comparator(NC_NC_NC_NC);
   setup_vref(FALSE);
   set_tris_a(0b00000101);
   set_tris_b(0b01000011);
   port_b_pullups(FALSE);
   enable_interrupts(INT_RDA);
   enable_interrupts(GLOBAL);
   
   while(1)
   {
   
      if(chk==1)
      {
         tmpc=getc();
         if(tmpc=='d')
         {
            in=0;
            out=0;
         }
         else if(tmpc=='g')
         {
            printf("-%lu-%lu-\r\n",out,in);
         }
         disable_interrupts(GLOBAL);
         chk=0;
         enable_interrupts(GLOBAL);
      }
     
      if((!input(d1)||!input(d2)) || (!input(d1)&&!input(d2)))
      {
         delay_us(500);
         if(!input(d1)||!input(d2))
         {
            if(!input(d1))
               out+=1;
            if(!input(d2))
               in+=1;
            if(!input(d1)&&!input(d2))
            {
               out+=1;
               in+=1;
            }
            delay_ms(1000);
         }
      }
   
   }

}